Vous effectuez la plupart des choses sous bash en saisissant des commandes comme cp. La majorité de ces commandes sont des petits programmes, bien que quelques-unes, comme cd soient intégrées à l'interpréteur de commandes.
Les commandes viennent de paquets, la plupart de la Free Software Foundation (projet GNU). Plutôt que de dresser ici la liste des paquets, je préfère vous renvoyer vers le Comment faire un système Linux à partir de zéro. Il contient une liste complète et à jour de tous les paquets allant dans un système Linux, aussi bien que des indications pour les construire.