La scelta tra il "NIS tradizionale" o il codice di NIS nella libreria di NYS è una scelta tra pigrizia e maturità contro flessibilità ed amore per l'avventura.
Il codice del "NIS tradizionale" è nella libreria standard C, è in giro da molto ed alcune volte soffre a causa della sua età e lieve inflesibilità.
Il codice NIS nella libreria NYS richiede la ricompilazione della libreria libc per includere al suo interno il codice NYS (oppure si può ottenere una versione precompilata di libc da qualcuno che l'ha già fatto).
Un'altra differenza è che il codice del NIS tradizionale ha qualche supporto per i Netgroup NIS, che il codice di NYS non possiede. D'altro canto il codice NYS permette la gestione delle Shadow Password in modo trasparente. Il codice "NIS tradizionale" non supporta le Shadow su NIS.
Si dimentichi tutto questo se si utilizza la nuova libreria 2.x GNU C (anche conosciuta come libc6). Essa ha un vero supporto a NSS (name switch service), che la rende molto flessibile e lo ha anche per le seguenti mappe: aliases, ethers, group, hosts, netgroups, networks, protocols, publickey, passwd, rpc, services e shadow. La libreria GNU C non ha problemi con le shadow password su NIS.
La scelta tra NIS e NIS+ è facile - usare NIS+ solo se si ha bisogno di sicurezza rigorosa. NIS+ è molto più problematico da amministrare (è facile da gestire dal lato client, ma dal lato server è orribile). Un altro problema è che il supporto per NIS+ sotto Linux contiene un sacco di errori ed il suo sviluppo è stato interrotto.