Diversamente da IPv4 la cifratura e l'autenticazione sono funzioni vincolanti di IPv6. Queste vengono normalmente implementate utilizzando IPsec (il quale può essere usato anche da IPv4).
A causa però dell'indipendenza della cifratura e dell'autenticazione dal protocollo di scambio dele chiavi, ci sono attualmente alcuni problemi di interoperabilità a questo proposito.